امروزه فلش مموری ها منبعی برای گسترش ویروسهای رایانه ای شده اند و تولید ویروسهای رایانه ای جدید سبب شده که آنتی ویروسها نیز از پس محافظت از آنها بر نیایند. برای رهایی از خطر آلوده شدن مموریتان به ویروسهای Autorun راهی بسیار ساده و بدون هیچ گونه نرم افزار خاصی وجود دارد. این روش به صورت محدود کردن root مموری است در این صورت امکان ورود ویروسهای Autoran به مموری از بین می رود. توضیحات بیشتر: تنها مشکل این سیستم آن است که در فلش محافظت شده به این روش کارهای زیر را نمی توان انجام داد: 1- کپی کردن فایلها به درون Root فلش مموری 2- Send to کردن فایلها به درون فلش مموری 3- استفاده از فلش بر روی دستگاه پخش صوت ماشین و یا دستگاههای DVD Player و یا رسپورهای ماهواره (به عبارتی از این فلش فقط برای انتقال اطلاعات می توان استفاده کرد و نمی توان از آن بر روی دستگاههای پخش استفاده کرد.)