FileZilla Server یک سرور FTP است که FTP و FTP over SSL/TLS را پشتیبانی می‌کند. FTP over SSL/TLS اتصالات رمزگذاری شده و امن به سرور فراهم می‌کند. FileZilla از SSL پشتیبانی می‌کند، همان سطح رمزگذاری که توسط مرورگر وب شما پشتیبانی می‌شود، برای محافظت از داده‌های شما. هنگام استفاده از SSL، داده‌های شما رمزگذاری می‌شود تا هکرها نتوانند آن را ببینند و از اطلاعات محرمانه شما محافظت می‌شود. همچنین، این از فشرده‌سازی داده در حال انجام پشتیبانی می‌کند که می‌تواند نرخ انتقال را بهبود بخشد. متأسفانه، تنظیم فشرده‌سازی ممکن است نتایج مختلطی داشته باشد، بنابراین توصیه می‌شود با دقت از آن استفاده شود. این امکان وجود دارد که فایل‌هایی که از قبل فشرده شده‌اند با اندازه داده اصلی خود بیشتر از طریق شبکه منتقل شوند.
تغییرات و آسیب پذیری‌های رفع شده
اکنون FileZilla Server نیازمند این است که دایرکتوری پیکربندی توسط حساب کاربری سیستم عامل که سرور زیر آن اجرا می‌شود، یا یک کاربر با اختیار بیشتر (SYSTEM، Amdministrators، TrustedInstaller در ویندوز، root در مکان‌های دیگر) ایجاد شود
MSW اکنون حساس به حروف کوچک و بزرگ هستند تا محدودیت‌های مونت‌های فرعی ( درایور ها یا دایرکتوری ها ) نتوانند توسط تغییر حروف کوچک یا بزرگ دور زده شوند.