یکی از مزایای شبکه ملی اطلاعات، تفکیک تعرفه اینترنت داخل از بین‌الملل است. بدین ترتیب اپراتورهای ارائه‌کننده اینترنت وظیفه دارند مطابق مصوبه سازمان رگولاتوری، برای کاربرانی که به سایت‌های داخلی مراجعه می‌کنند، تخفیف ۵۰ درصدی در نظر بگیرند.
سازمان تنظیم مقررات و ارتباطات رادیویی، لیست ۲۰۰ سایت پرترافیک داخلی را به اپراتورها و شرکت‌های اینترنت ارائه کرده است که کاربران با مراجعه به این سایت‌ها می‌توانند نصف هزینه را پرداخت کنند.
همزمان با بهره‌برداری از فازهای اول و دوم شبکه ملی اطلاعات، کمیسیون تنظیم مقررات ارتباطات طی مصوبه‌ای به اپراتورهای تلفن همراه و شرکت‌های اینترنتی اعلام کرد که به منظور کاهش هزینه مصرف‌کنندگان باید ضمن جداسازی ترافیک داخل از بین‌الملل، نرخ استفاده از ترافیک داخلی را برای مشترکان خود به نیم‌بها کاهش دهند.
کاهش هزینه‌ها با مصوبه کمیسیون تنظیم مقررات و ارتباطات رادیویی برای ترغیب مشترکان به استفاده از سایت‌های داخلی و افزایش تولید محتوا و خدمات داخلی بوده است.
در مرحله نخست اسامی ۲۰۰ سایت پربازدید داخلی که سرورهای آنها در ایران قرار دارد به همه شرکت‌ها و اپراتورها اعلام شد تا نسبت به درنظر گرفتن تسهیلات برای کاهش هزینه‌ها اقدام شود تا در مراحل بعدی کلیه سایت‌هایی که سرورهای داخلی دارند در این مجموعه قرار گیرند.